Rys historyczny
Zespół Szkół Specjalnych Nr 6 w Krakowie mieści się w budynku, przy ul. Ptaszyckiego 9, w którym od 9 listopada 1930 roku funkcjonowała Szkoła Podstawowa Nr 37 co upamiętnia wmurowana przy wejściu głównym tablica pamiątkowa. W latach 1972 - 1977 obiekt ten użytkowała szkoła zawodowa specjalna. Po reorganizacji szkół we wrześniu 1977 roku została ona połączona ze Szkołą Podstawową Specjalną Nr 71 obejmującą edukacją dzieci i młodzież z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu lekkim. Do budynku przy ul. Ptaszyckiego 9 zostały przeniesione klasy dla uczniów z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym i znacznym.
W roku szkolnym 1977/78 rozpoczęła działalność Szkoła Podstawowa Specjalna Nr 79. Uroczyste otwarcie placówki nastąpiło 13 maja 1978 roku, a nadanie imienia szkole odbyło się 12 października 1979 roku. Z tej okazji wmurowano ufundowaną przez Akademię Sztuk Pięknych w Krakowie tablicę z popiersiem patronki - prof. dr Józefy Joteyko - prekursorki pedagogiki specjalnej.
We wrześniu 1988 roku na terenie szkoły powstała klasa dla uczniów z autyzmem, a w 1992 roku utworzono kolejne 3 oddziały dla tych uczniów. Weszły one w skład utworzonej Filii Nr 1 mieszczącej się przy ul. Bałuckiego a następnie przeniesionej na ul. Wysłouchów. W 2002 roku filia została przeniesiona na ul. Szopkarzy, a od roku szkolnego 2003/2004 w miejsce Filii Nr 1 powstał funkcjonujący jako samodzielna placówka Zespół Szkół Specjalnych NR 13.
W 1998 roku, w oparciu o Rozporządzenie Ministra Edukacji Narodowej z dnia 30 stycznia 1997 roku, szkoła objęła edukacją dzieci z głęboką wieloraką niepełnosprawnością, organizując zespołowe zajęcia rewalidacyjno - wychowawcze na terenie placówki oraz zajęcia indywidualne w domach uczniów.
W 1999 roku, w związku z wprowadzoną reformą oświaty, placówkę przekształcono w Zespół Szkół Specjalnych Nr 6, w skład którego weszła: Szkoła Podstawowa Nr 79 i Gimnazjum Nr 56. Wychodząc na przeciw potrzebom edukacyjnym uczniów kończących gimnazjum oraz oczekiwaniom rodziców powołana została Szkoła Przysposabiająca do Pracy nr 7.
Przez lata działalności, placówka współpracowała z Domami Pomocy Społecznej na os. Hutniczym, przy ul. Łanowej i w Prusach, obejmując edukacją mieszkających tam podopiecznych. Aktualnie realizowane są indywidualne i zespołowe zajęcia rewalidacyjno- wychowawcze na terenie Domu Pomocy Społecznej w Prusach, prowadzonym przez Siostry Zgromadzenia Córek Bożej Miłości.
W roku szkolnym 2007/2008 nasza szkoła obchodziła Jubileusz 30-lecia istnienia. W związku z tym 12 września 2007 roku, Uchwałą Rady Miasta Krakowa , Gimnazjum Nr 56 oraz Szkole Przysposabiającej do Pracy Nr 7 nadano imię Józefy Joteyko. W dniu 19 maja 2008 roku na Uroczystej Mszy Świętej w Bazylice Ojców Cystersów w Mogile został poświęcony sztandar szkolny.